El Directorio es la máxima autoridad del Consejo y está integrado por ocho miembros y sus respectivos suplentes así:
Sector Público
- El Ministro de Economía o el funcionario que éste designe
- El Ministerio de Agricultura y Ganadería o el funcionario que éste designe
Sector Privado
- Tres representantes de los Productores de caña de azúcar, por los Departamentos siguientes:
Un representante por los Departamentos de Ahuachapán, Sonsonate y Santa Ana
Un representante por los Departamentos de San Salvador, Cuscatlán, Chalatenango, Cabañas, La Paz y La Libertad
Un representante por los Departamentos de San Vicente, Usulután, San Miguel, Morazán y La Unión
- Tres representantes de las centrales azucareras o ingenios legalmente constituidos e inscritos en los registros correspondientes.
Directorio Actual del CONSAA
Sector Público
Licda. María Luisa Hayem Brevé, Presidenta del Directorio
Ing. Manuel Rigoberto Soto Lazo, funcionario designado por el Ministro de Agricultura y Ganadería
Sector Privado
- Productores de Caña de Azúcar
Sr. Mario Fabián Rodríguez
Sr. Álvaro Humberto Castillo
Lic. Oscar Antonio Orellana Barrera
Sr. Ernesto Navas Rodríguez
Ing. Juan Francisco Guillen Reyes
Sr. Víctor José Orellana Vega
- Centrales Azucareras o Ingenios
Lic. Ana Mariella Rivas
Ing. Juan José García Aguilera
Lic. Grace Antonia Perla Ruiz
Ing. Carlos Rafael Morales
Agr. Gabriel Antonio López Centeno
Lic. Fernando Alberto Montano